Наукові та клінічні відділи:
- Відділ/відділення хірургії органів травлення
- Відділ/відділення захворювань кишечнику
- Відділ/відділення захворювань печінки та підшлункової залози
- Відділ/відділення захворювань шлунка та дванацятипалої кишки, дієтології та лікувального харчування
- Відділ/відділення дитячої гастроентерології
- Відділ міні-інвазивних ендоскопічних втручань та інструментальної діагностики
- Рентгенологічне відділення
- Лабораторія патоморфології
- Фізіотерапевтичне відділення
- Відділ науково-організаційної, методичної роботи та інформаційних технологій
- Консультативна поліклініка
- Кабінет психоемоційного розвантаження
- Клінічні дослідження
- Підрозділ біохімії
- Підрозділ імунології та мікробіології
- Підрозділ патофізіології