В структуру института входят следующие отделения и лаборатории:
-отделение заболеваний желудка и двенадцатиперстной кишки, диетологии и лечебного питания с клиникой на 62 койки;
-отделение заболеваний печени и поджелудочной железы с клиникой на 60 коек;
-отделение хирургии органов пищеварения железы с клиникой на 37 коек;
-отделение заболеваний кишечника с клиникой на 62 койки;
-диагностическое отделение;
-лаборатория микробиологии и иммунологии;
-лаборатория биохимии;
-лаборатория патоморфологии;
-лаборатория патофизиологии;
-консультативная поликлиника;
-физиотерапевтическое отделение;
-отдел информационных технологий, метрологического обеспечения и патентоведения;
-отдел научно-организационной, методической работы.

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

 Институт гастроэнтерологии Национальной Академии медицинских наук Украины был основан в 1965 году в связи с ростом распространенности  болезней органов пищеварения. Аналогичные научные учреждения были открыты только в Москве и Душанбе, Сотрудники института одними из первых освоили и внедрили эндоскопические методы исследования и лечения, разработали новые теории о возникновении болезней органов пищеварения,     применили современные хирургические вмешательства. Усилиями института была выстроена гастроэнтерологическая служба Украины.
 В настоящее время  патология  органов пищеварения в структуре общей заболеваемости Украины занимает 3 место после сердечнососудистых заболеваний и  болезней органов дыхания, что подтверждает необходимость существования научно-практического центра, каким и является институт. Необходимо отметить, что  развитию гастроэнтерологической патологии способствуют как экологические, так и экономические причины. Основными факторами риска развития таких болезней являются: стресс, неправильное питание, как по объему, так и по качеству, курение, употребление алкоголя, продукты, содержащие консерванты и стабилизаторы, искусственные красители, загрязненная вода.
Институт гастроэнтерологии сегодня – это научно-исследовательский центр Национальной Академии медицинских наук Украины, в котором проводятся  исследования по актуальным проблемам современной гастроэнтерологии, и осуществляется высокоспециализированная консультативная и медицинская помощь.  Коллектив  учреждения составляют  330  человек,  в том  числе  43 научных сотрудника, из них 8 докторов наук, 23 кандидата медицинских наук, 37 врачей из которых  22  врача высшей и 5 - первой категории,  3 - Заслуженных врача  Украины.   Институт является базой клинической ординатуры  и аспирантуры.   
  Поликлиника института, в которой консультативный прием ведут доктора и кандидаты медицинских наук,  рассчитана на  44 тыс.  посещений в год. 
   В состав института входят 3 научных лаборатории, 2 отдела занимающихся организационной, издательской деятельностью и внедрением информационных технологий, консультативная поликлиника и 4 научно- практических отделения – отделение заболеваний кишечника, отделение заболеваний печени и поджелудочной железы, отделение заболеваний желудка и двенадцатиперстной кишки и отделение хирургии органов пищеварения. В институте проводятся высококвалифицированные консультации, а также стационарное лечение больных с болезнями пищевода (эзофагит, ахалазия кардии, дивертикулы и язвы пищевода, гастроэзофагеальная болезнь, грыжа пищеводного отверстия диафрагмы),  желудочно-кишечного тракта (язвенная болезнь, гастриты и дуоденит, дивертикулез, болезнь Крона, неспецифический язвенный колит, колит с диареей и запорами), заболеваниями печени, желчного пузыря и поджелудочной железы (гепатиты, цирроз печени, холецистит бескаменный и калькулезный, постхолецистэктомический синдром, панкреатит), а также осуществляется хирургическое лечение болезней органов пищеварения – язвенной болезни (органосохраняющие операции), калькулезного холецистита – в том числе извлечение  камней из желчного пузыря  без его удаления, осложненных форм панкреатита, болезней кишечника  (болезнь Крона, дивертикулез),  производится дренирование кист  и желчных путей пункционным методом.
    В связи с тем, что институт является научно-исследовательским учреждением,  ученые института  и врачи постоянно участвуют в  научных форумах, обладают самыми современными знаниями, которые применяются в практике. Расширяются международные контакты Института, в частности осуществляется сотрудничество с Европейским гастроэнтерологическим обществом, Международной ассоциацией науки и высшего образования (МАНВО), ведется работа по договорам о научно-информационном сотрудничестве с Центральным научно-исследовательским институтом гастроэнтерологии Москвы (Россия). В рамках долгосрочного договора о сотрудничестве в области медицины проводятся мультицентровые рандомизированные исследования по изучению эффективности и безопасности лекарственных препаратов для лечения патологии кишечника и печени. Ученые института входят в ECCO, Международного (IPC) и Европейского (EPC) клубов панкреатологов, д.м.н., проф. Степанов Ю.М. является членом Европейского комитета по присуждению премии «Bares Award» за лучшие научные работы по гастроэнтерологии. Научные сотрудники Института постоянно принимают участие во всемирных, европейских и национальных гастроэнтерологических форумах (Италия, Швейцария, Германия, Нидерланды, Китай, Турция, Франция, Австрия, Япония и др.). Достижения ученых Института неоднократно отмечены дипломами, грамотами и премиями на научных форумах различного уровня. Учеными Института в 2010 году получена Премия Президента Украины за лучшую научную работу, в 2011 году - премия НАМН для молодых ученых и грант региональной программы «Молодежь - Днепропетровщине: 2007-2011», в 2012 году - еще 2 гранта по той  же программе.
Институт является клинической базой кафедры гастроэнтерологии и терапии факультета последипломного образования Днепропетровской государственной медицинской академии, где ежегодно совершенствуют свое профессиональное мастерство и повышают квалификацию более 500 специалистов из всех регионов Украины.

Учеными Института проведена большая работа по созданию Украинской гастроэнтерологической ассоциации, которая плодотворно работает уже более 15 лет. На базе Института создана и много лет успешно функционирует проблемная комиссия "Гастроэнтерология", в работе которой принимают участие 11 ведущих ученых страны по данной специальности.
За время существования Института издано 46 выпусков межведомственного сборника научных работ "Гастроэнтерология", в которых освещены достижения гастроэнтерологической науки и практики Украины. Сборник является специализированным изданием ВАК Украины. Со дня основания института учеными и врачами опубликовано более 5500 научных работ, издано 18 монографий, 84 учебных пособий и справочников, более 200 методических рекомендаций и ведомственных инструкций.
На данном этапе производится переоснащение института, приобретены современные анализаторы для лабораторий, оборудование для эндоскопических кабинетов. На очереди  - оснащение рентгеновского кабинета современным цифровым аппаратом.  Ультразвуковые исследования производятся на аппаратах японского, немецкого производства. 
Таким образом. Институт гастроэнтерологии является  научно-практическим центром, который разрабатывает научные программы,   а также оказывает населению высококвалифицированную специализированную помощь. Именно это сочетание научной и практической деятельности позволяет воспитывать подготовленных специалистов, глубоко знающих свое дело.